一、棉花苗期病害：棉花苗期病害种类较多，但归纳起来可划分为两类：一是地下部棉苗根部病害，主要有立枯病、炭疽病和红腐病等；二是地上部棉苗叶部病害，主要有褐斑病、黑斑病、轮纹病、炭疽病等。
二、棉花维管束病害：棉花维管束病害通常指棉花枯萎病与黄萎病。这两种病害是世界各产棉国均有发生的重要病害，对棉花生产威胁较大。我国各大棉区都有发生，历来是我国规定的对内、对外植物检疫对象。
枯萎病在棉花的整个生长季节侵染危害病株，现蕾前后出现发病高峰。发病棉株蕾期明显矮化，病叶浓绿，叶面皱缩不平，严重时病苗大量死亡；花铃期常出现一种顶枯型病株，病叶及蕾铃从上而下大量脱落，甚至成为光杆。枯萎病的最重要特征是茎秆内木质部导管变为暗褐色。
棉花黄萎病在自然条件下，苗期很少发病，其危害主要表现在棉花生长中后期。黄萎病往往与枯萎病同田混生，甚至危害同一棉株，使棉花受害更为严重。
三、棉铃病害：在我国南北棉区夏秋多雨年份，棉铃病害相当严重，轻者棉铃发生黑斑，重者引起烂铃。棉铃发病后，引起脱落和形成僵瓣花，甚至全铃溃烂，导致减产和纤维品质下降。
