小麦赤霉病是我国长江中下游麦区重要的流行性病害，近年来在我国黄淮麦区发生也加重。该病害的发生除可导致小麦产量损失，还会导致小麦赤霉病菌毒素污染，危害人畜健康。实践表明，采用将小麦品种抗性利用、田间耕作技术改进、杀菌剂的精准利用等关键技术进行集成的小麦赤霉病综合防控技术，对赤霉病的防效可达80%以上，显著高于常规防治，而且小麦籽粒中的赤霉病菌毒素含量低于1毫克/千克，目前该技术已在多地进行了技术示范和推广，取得了较好效果。
选用具抗性的小麦品种抗性品种利用和合理布局是小麦赤霉病防控的基础。目前生产上虽无高抗赤霉病的小麦品种，但品种间抗性存在较大差异。在赤霉病常发区，选用中抗品种，避免跨区域种植来自常发麦区的感病品种，以降低病害流行风险。
播期秸秆深耕和合理利用秸秆还田粗放，可使大量未腐熟的秸秆残留在土壤表面，有利于赤霉病菌的生长和繁殖。为加快秸秆腐熟和减少秸秆土表残留，在小麦赤霉病发生和流行地区，建议实行秸秆深埋，通过土壤深翻将还田秸秆埋至20厘米以下土层。耕翻后进行相应的镇压处理，加快秸秆腐熟和减少病菌生长。有条件的地区提倡秸秆资源化利用，减少病菌在田间的繁殖基质，压低菌量。
加强田间管理，降低田间湿度做好小麦田间沟系配套工作，做到排灌畅通，小麦生长后期雨后要做好田间排水工作，保持田间低湿。小麦生长中后期加强栽培管理，平衡施肥，增施磷钾肥。控制中后期小麦群体数量，创造不利于病害流行的环境。
扬花期合理用药小麦赤霉病的防治需以预防为主。在赤霉病常发区，应于小麦齐穗至扬花初期主动喷药预防。生育期不一致及抽穗扬花期如遇连续阴雨、大面积结露和多雾天气，隔5～6天再次用药，确保药剂防治效果。黄淮中北部、华北南部偶发麦区，抽穗扬花期如天气条件适宜病害发生，也应立即进行药剂防治。药剂可选用氰烯菌酯、戊唑醇、多菌灵或相应的混配剂等。药量需用足，氰烯菌酯的纯药用量需达每亩25克，戊唑醇的纯药用量需达每亩12克，多菌灵的纯药用量需达每亩50克。如施药后6小时内遇雨，雨后应及时补治。赤霉病菌已对多菌灵产生抗性的地区，应停止使用多菌灵等苯并咪唑类药，改用氰烯菌酯、戊唑醇等药防治。小麦穗期病虫害如白粉病、锈病和蚜虫等混合发生时，选用相应的杀菌剂、杀虫剂混合施用。防治时应采用低容量弥雾和常量喷雾，电动喷雾器、手动喷雾器每亩用水量30公斤左右。
适时收获小麦成熟后需及时收获，晾晒烘干，避免收获和储存过程中湿度过高，导致小麦赤霉病菌继续生长和繁殖，产生毒素。
