番茄在生产中易产生畸形果，畸形果的形状各不相同，有纵沟果、扁圆果、椭圆果、偏心果、指突果、桃形果、豆形果、菊形果、乱形果，以及其他奇形怪状的果实。这些不同的畸形果形状不一，产生的原因也多种多样。
1.低温的影响。
冬春季冷床育苗，苗床温度受外界天气影响较大。番茄花芽分化期，特别是2片至3片真叶时，遇到阴雨（雪）天气或寒潮侵袭，苗床夜间温度在8摄氏度以下，容易形成畸形花，后发育成畸形果。
2.用2,4-D蘸花浓度过大
应用植物生长调节剂浓度过高，花期使用植物生长调节剂浓度过高，或蘸花（喷花）后花朵光端残留的激素水滴，使果实不同部位发育不匀，引起子房畸形发育。
3.肥水供应不协调
施用氮、磷肥过量或缺钙、缺硼时易产生菊形果和多心室畸形果。
