一、辣椒经过多次分苗后伤根重，根系再生能力弱。辣椒本身根系就不发达、再生能力弱，根系受伤之后难以发生新根。而分苗势必造成伤根，而多次分苗势必伤根严重。辣椒根系一般在植株7片叶左右时就开始木栓化，再生能力降低；在辣椒苗12片叶左右时根系木栓化程度就较高。而在辣椒6-8片叶进行分苗，11片叶时进行定植，分苗后的根系会恢复困难。
二、辣椒多次分苗易导致花芽分化差。因为辣椒的花芽分化多从3-4片真叶期开始进行，期间若伤根势必影响水分、养分和内源激素的供应，因而花芽分化差或花芽分化推迟，导致后期辣椒畸形果过多或前期产量低。
三、辣椒多次分苗会造成营养供应不足。经过多次分苗虽然扩大了秧苗营养面积和生长空间，改善了其光照条件，但是根系受伤严重，生根慢不利于营养的供应，“叶靠根长”，因而表现为辣椒茎秆细弱、叶小叶黄。
四、辣椒多次分苗易造成病菌侵染根部病害。辣椒经过多次分苗，使得根系伤口多，而当地又多是连年重茬种植的老棚，土传病害较多，因而容易感染病菌而造成烂根死棵。
