蔬菜苗期病害最常见有猝倒病、立枯病、枯萎病、灰霉病、早疫苗、沤根、晚疫病，这些病害对蔬菜的正常生长危害极大，严重时可造成幼苗成片死亡，是蔬菜苗期大害。
一、猝倒病（绵腐病、小脚瘟）。主要浸染瓜类、茄果类、莴苣、芹菜、洋葱和甘蓝等蔬菜幼苗，还可引起瓜类、茄果类蔬菜的果实腐烂。出土前染病，多为烂种所致，出苗后发病，茎基部出现淡褐色水渍状病斑，病斑绕茎一周，易变软，使表皮脱落，病部缢缩，茎呈线状。该病发病迅速，病斑上未及表现症状就折倒，所以叫猝倒病。
二、立枯病（卡脖子、死苗）。主要危害番茄、茄子、辣椒、菜豆、莴苣、黄瓜、马铃薯等多种蔬菜幼苗。从刚出土的幼苗到茎部已形成木质部的大苗均可发病，果菜类蔬菜在分苗后的小苗受害较重，病菌浸染后，茎基部产生椭圆形暗褐色病斑，地上部分白天萎蔫，晚上恢复，病斑逐渐凹陷，扩大后绕茎一周，最后病部收缩，植株死亡。湿度大时病部出现稀疏淡褐色蛛丝状霉。有时表皮脱落后木质部暴露在外。没有猝倒现象，病部呈暗褐色，不长白色绵毛状霉。
三、灰霉病。灰霉病可浸染所有蔬菜幼苗，主要有黄瓜、茄子、蕃茄、青椒等果菜类及莴笋、生菜、芹菜等叶菜类，子叶期最易感病，特别是分苗浇水后迅速发展。子叶感病，先在结露的叶缘开始褪绿变黄，不久脱水干枯、或变褐坏死，或腐烂，高湿时表面密生灰霉。幼茎多从叶基部开始发病，初呈水浸状，不久变软腐烂。
四、沤根：沤根为生理病害，是因低温潮湿引起的，菜苗遇连阴天、下雨、下雪就会引起沤根死苗，夏天下大雨也会发生沤根。沤根主要发生在黄瓜、茄子、番茄、辣椒等果菜类的苗期。发生沤根时根部不发生新根和不定根，根皮发锈后腐烂，叶片变薄，在阳光下萎蔫。沤根苗在茎基部和根部不产生病斑，也不长霉状物，容易拔出，没有根毛，主根和须根腐烂。
主要防治处方是：
一是精心选择苗床：要选择地势较高、排水良好，土质肥沃疏松的地块，尽量避免同一块地连年作苗床，如沿用旧苗床，应将床土更换，或用５０％多菌灵可湿性粉剂每平方米８克与营养土１０公斤拌匀药土处理，或采用太阳高温消毒。
二是严格种子处理：选用抗病高产优种，用５０％克菌丹，或用４０％拌种双，或用５０％多菌灵、或用３５％甲霜灵种剂进行拌种或浸种。
三是加强苗床管理：在播种前，种子要用温水浸种催芽，浇足底墒水。出苗后抓紧在无风晴天早揭床盖，使幼苗多照射阳光，提高地温，通风换气降低湿度，防止苗床出现高温高湿现象。苗期喷洒０.15％的磷酸二氢钾液以增强幼苗抗病能力。春季育苗，播种后一般不浇水。分苗时浇水，一定要控制好水量。如遇到寒流侵入，要注意防寒保温，早盖晚揭，利用短暂的中午气温较高时间揭盖通风，降低床内湿度。
四是喷洒药剂防治：在幼苗发病初期，先将发现的病苗拔除，带出去深埋。在其周围进行喷药防治。药剂可用１０％百菌清复合粉或６４％杀毒矾Ｍ８可湿性粉剂５００倍液，或２５％甲霜灵可湿性粉剂８００倍液喷雾，或４５％速克灵烟剂熏烟。如无杀菌剂，将行间耙松后撒施干草木灰亦可。
