有机水稻种植过程中，种子处理、苗床处理、秧田管理、病虫草害防治等方面，都必须符合有机生产的要求。具体来说，种植有机水稻要从以下几个方面入手。
一、选优良种，突出优字。有机水稻的种子，要选择抗逆性好(主要是抗病虫危害)、分蘖力强、偏大穗、富营养、商品性好、优质米，适宜旱育苗、超稀植栽培模式的优良品种，发芽率在95%以上，纯、净度99%以上，不能越区种植，保证霜前5～7天充分成熟，做到早中晚合理搭配，充分发挥种子的“种尽其用，地尽其利”的作用。播前进行种子处理，确保一次播种保全苗。
二、抢前抓早，适时早播。当气温稳定在5℃时即可播种，1～2积温带，4月初育苗，3～4积温带，4月15日育苗，4月底之前播完种，不育5月苗，育苗采取大棚旱育或钵体育苗，千方百计培育壮秧。当气温稳定在13℃时，开始插秧，采取超稀植的插秧方式，不插6月秧，提高插秧质量，做到边起秧、边插秧，浅插，插直、插匀、插稀，合理密植，发现缺苗断空地方，进行移苗补栽，确保苗全苗齐苗匀苗壮。
三、合理施肥，保证供应。有机水稻只能施入有机肥，最好施饼肥、鸡粪(但必须腐熟、发酵)等，绝对不能施化肥，施底肥要质优量足，每亩可施300公斤发酵好的天耘鸡粪，施入均匀，不能积堆，以免烧苗，追肥要少吃多餐，主要追施优质农家细肥，最好追施饼肥，根据地力、长势和底肥多少，合理追肥，主要追好分蘖肥、调节肥、穗、粒肥，保证供应水稻生育期对营养元素的需要。
四、洁水灌溉，科学用水。有机水稻必须采取洁水灌溉，绝不能用生活污水，工业用水灌田，应做到单排单灌，在水层管理上，以浅为主，以水增温，以水促控，以气养根，以根保叶，活秆成熟。具体灌水方法：移栽期花达水，返青后2～3公分水层，有效分蘖前以浅为主，提高地、水温，促进分蘖，有效分蘖结束时，对生长繁茂地块，立即排水晒田，7～10天，控制无效分蘖，晒田程度达到田面发白，地面有裂纹，池面见白根，叶色退淡挺直，促进根系发育。排水晒田后，采取干、湿、干的间歇灌溉，以根保叶，养根保蘖。后期如遇到夜间气温低于17℃以下，采取深水护胎，水层15公分左右，这是防御障碍型低温冷害的有效措施。黄熟期停水。
五、综合防治，抗灾丰收。有机食品水稻不能使用化学农药除草和防治病虫害，进行人工除草，可疏松土壤，增强通透性，地净苗清，促进根系发育，防治病虫害主要采取生物和物理措施，例如稻田养鸭等，搞好预测预报，一旦发生，立即防治。
