辣椒灰霉病
症状在辣椒苗期发生严重，可造成烂腰与烂头症状。近年由于保护地栽培面积扩大，呈逐年加重趋势。病初子叶先端变黄，后扩展到着生子叶的幼茎。茎部产生褐色或暗褐色不规则病斑。
发生规律温度低、湿度大的环境易发病。
防治方法可喷1:1:200倍波尔多液，70%代森锰锌可湿性粉剂500-600倍液，50%扑海因可湿性粉剂1500倍液。
辣椒灰斑病
症状病叶上病斑圆形或近圆形，表面稍隆起，初为褐色，后渐变为灰褐色，周缘有黄色的晕圈，重病叶可布满病斑。
发生规律多雨、潮湿时易发病；缺肥缺水，植株生长不良的田块发病重。
防治方法若大田发病，可喷70%代森锰锌可湿性粉剂500-600倍液，隔一周喷1次，连喷2-3次；也可喷15%粉解除宁可湿性粉剂1500-2000倍液，或喷70%甲基托布津津有味可湿性粉剂500-600倍液，每周1次，连喷2-3次。
甜（辣）椒疮痂病
症状幼苗叶片发病，病斑水渍状，常没脉发生。叶片畸形。7-8月高温多雨时，尤其在暴风雨中最易发生和流行。连作地发病较普遍。
防治方法发病初期开始喷洒1:1:200波尔多液、农用硫酸链霉素或新植霉素4000倍液，60%DTM可湿粉剂500倍液或14%铬氨铜水剂300倍液等，隔7-10天喷1次，连喷2-3次。
辣椒日烧病
症状辣椒果实向阳面退绿变硬，加淡黄色，皮革状，病部表皮失水变薄易破。
发生规律一些叶子稀疏的品种，在天气干热、土壤缺水，或忽雨忽晴、有雾等天气条件下容易发病。
防治方法选栽抗病品种，与高秆作物间作。合理密植，合理施肥及灌水。防止早期落叶类病害的发生（如炭疽病等）。
辣椒软腐病
症状病斑水渍状，先呈暗绿色，后变成暗褐色，病果腐烂发臭，常脱落，或在枝上，失水干枯后呈白色。发生规律细菌在病残体上越冬，借雨水、昆虫传播，由伤口侵入。
防治方法彻底治虫，消灭虫害于蛀食前。
甜（辣）椒炭疽病
症状果实发病，初在果面产生水浸状黄褐色圆形斑点，扩大后病斑为圆形或不规则圆形，明显凹陷，暗褐色，中央灰褐色。
防治方法发病初期，可选喷75%百菌清可湿性粉剂500-600倍液，70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液，隔7-10天喷1次，连喷2-3次。
辣椒菌核病
症状茎部或枝叶分叉处受害，开始产生水渍状汪褐色不规则病斑，湿度大，病部腐烂，并长白色菌丝体。
发生规律病菌菌适宜发育温度为15℃-24℃，一般春秋雨季温暖多雨时发生；低洼地、排水不良地发病较重。
防治方法发病初期可用药土围在幼苗根茎处，药土的配方是：用40%五氯硝基苯或50%多菌灵0.5千克，加细土100千克，拌匀即成。
甜（辣）椒病毒病
防治方法播前种子用10%磷酸三钠液浸种20-30分钟，用清水洗净后催芽播种；在分苗、定植前和花期喷洒硫酸锌500-1000倍液；及时追肥浇水，抓好花期、幼果期及果实膨大期的肥水管理是防病的关键；种植高秆屏障作物（玉米）等，以减少蚜虫传毒；采用铝银膜避蚜或及时治虫；发病胶或发病初期喷洒20%病毒A可湿性粉剂500倍液或NS-83增抗剂100倍液，或15%植病灵乳剂1000倍液等，隔10天喷洒1次，连续喷2-4次。
