澳大利亚许多州对基因改良作物的种植都有模糊不清或暂时的限制。公众目前正在对基因改良棉仔油投放澳大利亚市场表示极大关注。
美国加州大学的昆虫学家RICKROUSH称﹐基因改良棉花籽油通常主要是用于快餐食品。但是很多州认为棉仔油不应该用来作为植物油出售。他指出，认为棉花不是植物油根本是无稽之谈﹐因为我们烹饪所用的油中﹐有40%来自棉花仔。
尽管人们对棉仔油仍然抱有怀疑﹐澳大利亚棉花种植者称﹐基因改良作物对农业和环境都有益处。据估计，目前新南威尔士州和昆士兰州有90%的棉花农场种植的都是基因改良棉花。
澳洲棉花种植协会主席GEOFFHEWITT称﹐基因改良作物已经在澳洲种植了将近7年。但是最初并没有大规模的种植。现在由于发现了基金改良作物对病虫害有较强的防御能力，已经开始大量种植。他指出这将是全球农业今后发展的大趋势﹐并不局限于棉花种植业。
目前，澳洲基因技术管理办公室(OGTR)已经颁发了34个基因作物试验性种植的许可证。在新南威尔士州﹐塔斯玛尼亚﹐西澳﹐昆士兰州以及维多利亚州的基因改良作物种植试验正在进行当中。
而自1996年以来一直在澳种植的基因改良棉花﹐目前是唯一获得商业生产许可的基因农作物。
