此期番茄主要的病害还是以灰霉病为主，其次为晚疫病、早疫病。灰霉病的发生开始逐渐的减轻，但要特别注意晚疫病，因为随着气温的回升，棚内浇水次数要开始加大，这种中温高湿的环境必然会导致晚疫病的偏重发生，所以要注意提前预防。
防治灰霉病选用果多鲜40ml/亩+速福100ml/亩。预防和治疗晚疫病选用银法利100ml/亩+杰效20ml/亩，持效期长达25天以上。防治早疫病选用好力克12ml/亩或戊康20ml/亩喷雾。
除了上述真菌性病害外，这个时期还容易发生一个细菌性的病害，就是细菌性叶斑病，即番茄叶片上的小黑点，可以用万家120克/亩喷雾防治。
