番茄的主要病害有早疫病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、病毒病、枯萎病、青枯病、溃疡病、脐腐病等，随着日光温室发展和塑料大棚固定化栽培，番茄的土传病害和气传病害均有发展趋势。露地番茄不少地区最严重的是病毒病。多雨年晚疫病、灰霉病、绵疫病等流行。番茄病害种类多，往往在同一块地同时发生几种病害，需要实行综合防治。
1、育苗床换新土，或用绿亨一号土壤消毒剂药物处理床土（每平方米用1克绿亨一号，与细土充分掺匀后取1/3撒在畦面，余下2/3播种后做盖土。），或采取地热线育苗和塑料钵育苗，减少根系损伤，缩短育苗期。
2、无病地、无病株采种，或实行种子温汤浸种或用绿亨一号等药剂拌种（每公斤种子用1克绿亨一号和4克绿亨二号混合后拌种）。
3、实行非茄科作物3年以上轮作。
4、早春保护地番茄提高地温和气温，开花结果以后加强通风、降低湿度、减少结露。
5、秋番茄育苗在防雨、防虫、遮蔽的保护地进行。
6、秋大棚番茄加大放风量，降低温湿度。
7、药剂防治重点在预防和发病初期。
灰霉病：预防和发病初期可选用真灵500倍液、灰霉王500倍液、万霉灵500倍液轮换进行喷雾，在发病高峰期可选用百可得2000倍液和施佳乐800倍液轮换进行喷雾。遇到阴天下雨天气，可选用灰霉白粉一次净烟剂200克/亩密闭熏蒸温室大棚和万霉灵粉尘1公斤/亩喷粉。
早疫病和晚疫病：可选用霜克500倍液、猛飞灵500倍液、霉克特500倍液、灭克800倍液轮换进行喷雾，也可以复配用药。遇到阴天下雨天气，可选用百菌清烟剂200克/亩密闭熏蒸温室大棚和克露粉尘1公斤/亩喷粉。
叶霉病：可选用叶霉威500倍液和叶霉净500倍液轮换进行喷雾。
病毒病：可选用博联生物菌素1500倍液喷雾。
脐腐病：可选用脐腐王800倍液和瓜病决杀1000倍液轮换进行喷雾。
对于枯萎病和青枯病可选用克菌净1000倍液喷雾、绿亨一号3000倍液灌根。
