当前，天气冷热变化幅度大，特别是经过较长时间的低温天气，辣椒幼苗抗病力极弱，病虫害极易入侵，管理不当，会导致辣椒死苗、烂苗现象发生。常见病害及防治措施如下：
1、烂根病：发病初期根部变成浅锈褐色，地上部茎叶无异常症状，根部潰烂，叶片变黄，以至枯死。防治措施：提高育苗水平、控制湿度，低温增加棚温，撒细干土、草木灰等吸潮降湿，增施钾肥和叶面肥，提高幼苗抗病能力。
2、猝倒病：种子出土前侵染造成烂籽，幼苗出土后，在近地面茎基部出现水渍状病斑，变黄、缢缩、凹陷，叶子还未调萎即猝倒，地面潮湿时病部可见白色绵毛状霉层。防治措施：用敌克松对苗床消毒，如果已造成死苗、烂苗，用杀毒矾、辣椒特效治病灵噴施3-5次，每次间隔3天左右。
3、立枯病：主要危害茎基部。出现在育苗中后期，发病初期在茎基部产生椭圆形褐色病斑，白天萎焉、夜间恢复，以后病斑绕茎一周、下陷、干缩直至全株死亡，病株不倒伏，病部可见蛛丝状褐色霉层。防治措施：加强管理，防止出现高温、高湿状态。发病期可用甲基立枯灵乳油或甲基硫菌灵悬浮剂等喷洒。一般每7天喷1次，连喷2-3次。
4、灰霉病：发病多在叶尖发生，由叶缘向内呈"V"字形扩展，呈水渍状腐烂，引起叶片枯死，表面生少量灰霉。防治措施：加强苗床通风，降低湿度。发病时喷药。可用多菌灵、百菌清，每隔7-10天喷一次，共喷2-3次。
5、早疫病：多在3―5叶苗期发生。发病温度为20―25℃，当空气湿度达80%以上，苗上有水膜出现时，早疫病会大发生。防治措施：苗床发病时，甲基托布津或多菌灵粉剂拌干细土撒施。大田防病甲霜灵锰锌、或百菌清、或多菌灵500－800倍液喷洒。
