平菇罕见的虫害有菇蝇、菇蚊、螨类、线虫、跳虫、蛞蝓，它们产卵子造就估中，幼虫在造就估中滋生，为害菌丝体，惹起造就料糜烂，成虫如夜蛾类也啃吃平菇柄和菌丝体，并流传病原菌。另外，全部种植及出菇历程要做好预防。老鼠吃菇种爬乱床料或咬烂菇筒袋也是招致增产的成绩。
预防办法：留意情况卫生，种菇前菇房表里洗濯洁净，并用福尔马琳，敌敌畏或菊脂类药放射，或用烟雾剂熏蒸后才进房收获、接种；床栽用的塑料膜及其它器具要在用之前消毒好，用后实时清算，扫除洁净接种时所失落下的残物，要关好门窗，有前提的装上窗纱网，淘汰虫豸及鼠害入侵。
医治办法：菇床上部分泛起青霉及绿霉等霉菌种杂菌时，可在杂菌外貌撒让石灰或多菌灵原粉，或用棉花沾些高锰酸钾水溶液盖于杂菌上，克制杂菌发展，泛起罹病的平菇要实时摘除，泛起虫害时实时用菊脂类或菇虫净或其它低毒药杀灭。
留意是出菇期喷药最好要采完一批菇在无菇时喷药，以避免农药残留对人体吃菇有影响，和预防对小菇的影响，轻易形成畸形。
