(1)选择优良的花生根瘤菌及其菌剂。优良的菌剂固氮力高，竞争性强，结瘤早，在土壤中的成活力和繁殖力强，适应不良环境的能力强，如抗干旱、耐胺、耐盐等。优质菌剂要保证含活菌数高、杂菌数少。一般要求泥炭菌剂每克含活菌5亿至10亿以上。
(2)增加花生根瘤菌剂的接种量。花生每粒种子上的含菌数虽然很多，但种子进入土壤到发芽之前，根瘤菌在土壤中的死亡很多。所以，增加接种量可以增加根瘤菌侵入花生的机会，增强同土著菌竞争的能力。据试验，在已经种过花生的地上，按习惯量接种根瘤菌，很难形成根瘤。接种量应为习惯量的1000至10000倍。
(3)改变菌剂剂型和接种方法。为更充分发挥根瘤菌的效能，我国近年来已研究成功2种新的根瘤菌剂型，并在生产上推广应用。一种是稀土根瘤菌剂，即根瘤菌中添加0.1％的稀土，以增加其活性；另一种是钼肥根瘤菌剂，即在根瘤菌中添加2％的钼酸铵作吸附剂。花生根瘤菌过去一般都采用草炭吸附菌剂，并以拌种方法接种，其优点是简便易行，但缺点是草炭与种子黏附不好，部分菌剂附在种皮上随种子发芽出土带到地表，受阳光中紫外线照射，根瘤菌被杀死。近年来，国内外研制成功了一种称为丸衣接种，又称作球化接种的方法。所用材料有黏着剂(甲基纤维素等)、难溶性粉状物(如碳酸钙、石膏)和磷肥(磷矿粉)、微量元素。其制作方法是先将黏着剂调匀，再倒入根瘤菌剂，充分搅匀，使拌有黏着剂的菌剂粘在种子表面，最后再加入粉状物，滚动制成丸衣。丸衣中根瘤菌得到很好的保护并含有一定量的肥料，有利于根瘤菌早侵入、早结瘤。
(4)花生根瘤菌是一种生物制剂，使用前应妥善放置在阴凉黑暗处保存，保存温度不能超过25摄氏度。施用时不可与硫酸铵、杀菌剂、炉灰等混合拌种，但可分开施用。
(5)培育花生壮株，使花生在整个生育期良好地供应根瘤菌充足的碳源，在花生和根瘤菌间建立高活性、高效率的共生系统。
