1、培养室应事前灭菌，即用石灰粉刷墙壁，用甲醛和高锰酸钾混合进行熏蒸消毒；培养过程中，每周用5%石炭酸溶液喷洒墙壁、空间和地面，连续喷2次，以除虫灭菌。
2、温度和湿度要适宜。培养室温度要先高后低。菌丝萌发时，温度在25～28℃为宜。10天后，温度降至22～24℃，不超过25℃。室内空气相对湿度控制在55%～70%。后期如雨水多，在培养场地撒些石灰，以降低空气相对湿度。
3、光线要偏暗。在菌丝体生长阶段，培养室的光线要接近黑暗，门窗用黑布遮光或糊上报纸或瓶(袋)外套上牛皮纸、报纸进行遮光，有利于菌丝生长。当菌丝发满瓶(袋)时，要清除培养室门窗的遮光物，增加光照3～5天；如光线不足，可用电灯照射，以补充光源，来刺激黑木耳原基形成。
4、空气要新鲜。黑木耳是好气性菌类，在生长发育过程中，要始终保持室内空气新鲜，每天通风换气1～2次，每次30分钟左右，促进菌丝的生长。第五，及时检查杂菌，防止污染。在菌丝培养过程中，料袋常有杂菌侵染，要及时进行检查，如发现有菌斑要用0.2%多菌灵或1%甲醛溶液注射菌斑，然后贴上胶布，控制杂菌的蔓延。
