保护地蔬菜病害繁殖快，危害重，必须贯彻要“预防为主综合防治”的值保方针。主要措施如下：
（1）做好植物检疫：植物检疫是防止危险性病害随蔬菜种子、秧苗、种株传播蔓延和重要措施。如黄瓜黑星病、番茄溃疡病在局部地区发生，应严格执行植物检疫措施，防止上述病害传到保护区。当危险性病害传入新区时，要组织力量进行彻底消灭。
（2）农业防治：结合耕作、栽培技术也能控制、消灭或减轻病害的发生和危害。例如，选用抗病品种，是防治病害的重要途径，也是最经济有效的方法；选用兼抗品种和种植几个品种搭配合理布局，避免单一品种长期连片种植，保护增强品种抗病性和良种性。加强田间管理，深翻土地，增施有机肥料，实作轮作，适时种植，清洁棚室内的病虫残株，减少病虫来源和压低病虫发生基数；加强水肥管理，增加植株抵抗能力，浇水后要通风，防止大水漫灌，阴天不浇水等，对控制病害发生有重要作用。采取通风降湿或闭棚增温等手段，造成适宜全蔬菜生长而不利于病害发生发展的温湿度条件，可能控制病害发生，促进蔬菜生长。
（3）生物防治：采用生物防治方法，可减少化学农药污染，也能达到治病保产的目的。常用的生物农药有“5406”激抗剂、链霉素、新植素、农用抗菌素120、130-10，浏阳霉素等。
（4）物理防治：采用物理方法，也可防治蔬菜病害。例如，温汤浸种，杀死种子表面和内部潜伏的病菌；太阳能高温土壤消毒，防治枯萎病等土传病害。
（5）化学防治：当前采用化学农药仍是防治蔬菜病害的主要手段。如喷雾、喷粉、熏烟、粉尘剂、拌种、土壤消毒。化学农药使用简便，收效快，深受菜农欢迎。
