大葱锈病主要为害叶、花粳部。发病初期表皮上产生椭圆形或纺锤形稍隆起的橙黄色疱斑，后表皮破裂向外翻，散出橙黄色粉末，即病菌夏孢子堆和夏孢子。秋后疱斑变为黑褐色，破裂时散出暗褐色粉末，即冬孢子堆和冬胞子。严重时，病斑连成片，如铁器生锈，致叶片上长满疱斑，病叶干枯。造成减产，品质下降。
防治方法：一是)收获后清除遗留在田间的病残体，消灭越冬菌原。二是多施有机肥，增施磷钾肥，提高植株抗病力。三是发病初期喷药，可用15％的粉锈宁可湿性粉剂2000倍一2500倍液或50％萎锈灵乳油800倍一1000倍液，或65％代森锌可湿性粉剂500倍液，或70％代森锰锌可湿性粉剂400--500倍液，或25％敌力脱乳油3000倍液，或70％代森锰锌可湿性粉剂1000倍液加15％的粉锈宁可湿性粉刑2000倍液，或25％敌力脱乳油4000倍液加15％粉锈宁可湿性粉剂2000倍液等，每10天左右防治一次，共防1—3次。各种药剂轮换使用。
