一要充分腐熟。畜禽粪便、作物秸秆等有机废弃物由于可能含有较多的病菌、虫卵、草籽等，容易引起蔬菜病虫害，另外也会通过蔬菜传播一些对人类健康有害的疾病。再者，直接施用的有机废弃物在田间会进一步发酵，与蔬菜根系争夺氧气，产生大量热量，易引起烧苗。因此，提倡施用充分腐熟的有机肥，可最大限度地避免上述有害现象的发生。如施用半腐熟有机肥应与根系保持一定距离。
二要适量。有机肥的最大施用量应以满足作物营养需要为标准。饼肥、鸡粪等营养元素含量较高，基肥一次性施用量过大，易导致肥害，促进土壤硝化，增加蔬菜硝酸盐含量。因此以鸡粪为主的堆肥作基肥时，甜瓜、西瓜、番茄、豆类等少肥型蔬菜一般每亩施用不宜超过500公斤，黄瓜、茄子、辣椒等多肥型蔬菜一般每亩不宜超过1000公斤。
三要合理搭配。有机肥与有机肥、有机肥与化肥之间合理搭配施用，才能充分发挥肥料的缓效与速效相结合的优点，调控蔬菜生长与品质。如羊粪中养分含量在家畜粪便中最高，分解速度较快，肥效较猛，为达到肥效平稳，应在羊粪中加入猪粪或牛粪混合施用；人粪尿是速效性有机肥，施用时应搭配粗的有机肥和磷、钾肥。有些有机肥碳氮比很高，施用后土壤微生物与作物争氮，引起氮素不足，则需配施适量的化学氮肥。有机肥配施磷肥有利于提高磷肥的肥效，有机肥与生物肥搭配施用也有利于提高肥效。
四要注意方式方法。有些有机肥肥效长，养分释放缓慢，一般应作基肥，结合深耕施用有利于土壤相融，促进水稳性团粒结构的形成，有效地改良土壤。作物生长期间施用速效性有机肥，应开沟条施或挖坑穴施，施后及时覆土，切不可撒于地表。叶菜类一般不宜叶面喷施有机肥。
