主要有青枯病、炭疽病、脐腐病、病毒病和红蜘蛛、烟青虫、棉铃虫。
1、青枯病。发病初期用72%农用链霉素或20%叶青双800倍液浇根，或用康地蕾得可湿性粉剂1.5千克/亩药液灌根，每株浇250毫升左右，隔3～5天再浇1次。出现病株时应及时拔除，并在病窝周围撒入适量生石灰，防止病菌蔓延。
2、炭疽病。在初花后用1∶1∶160波尔多液预防，每隔7～10天喷1次。发现病斑后，可喷80%代森锰锌可湿性粉剂800倍液或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600～800倍液防治。
3、脐腐病。辣椒落花后开始喷施0.1%高硼钙，避免氮肥过多，多施腐熟有机肥；植株不要留果过多，避免果实之间对钙的竞争；从幼果期开始，喷施0.1%的硝酸钙、硼砂、硫酸锌、硫酸铜并加入爱多收6000倍液，5～10天喷1次，连喷3～5次。
4、病毒病。应以预防为主，在及时防治蚜虫、灰飞虱等传毒媒介的同时，于辣椒苗期和定植后及时喷施20%病毒A可湿性粉剂500倍液或20%病毒克星400～600倍液防治，每隔5～7天喷1次。
5、红蜘蛛(螨)。要清除田间杂草和残枝落叶，消灭虫源。发生初期用40%金螨扑(绝螨一号)或15%哒螨灵乳油3000倍液喷雾，每隔5～7天1次，连喷2～3次。
6、烟青虫、棉铃虫。可用糖醋液、黑光灯等诱杀，化学防治应在幼虫孵化高峰至2龄期施药，将幼虫消灭在蛀果之前。药剂可选用20%劲彪、杜邦4000倍液(20%氯虫苯甲酰胺悬浮剂)，或1.2%苦烟乳油800倍液。
