茄子灰霉病容易产生抗药性，所以要坚持预防为主，综合防治的方针，尽量采用农业措施防治，控制用药量和用药次数。农药必须轮换施用和混配施用，以利于延缓抗药性产生，提高防治效果，减轻损失。
首先，生态防治是控制大棚茄子灰霉病的有效途径。采用地膜全膜覆盖，使用大棚无滴膜，切忌大棚内只盖畦面，不盖畦沟。其次是结合变温管理，加强通风，当晴天上午棚温升到33℃时开始放风，中午和下午继续放风，保持棚湿25℃，湿度降到70%以下。当棚温降到20℃时关闭大棚，使大棚夜间温度保持在17℃，阴天打开两门通气。这样上午控温，下午控温，形成不利于灰霉病发生的环境。
其次，在发病初期摘除病花瓣、病果、病叶，集中深埋，防治效果可达85%以上。
最后，定植前用万霉灵1000倍液喷洒定植苗，达到无病苗下田；蘸花时，在配制好的药水中加入腐霉利可湿性粉剂蘸花或涂抹；大棚茄子在发病初期或阴雨连绵的天气条件下，可以用45%的百菌清烟熏剂熏烟，每亩200克～250克，在傍晚进行，次日通风，每隔7天一次。发病初期开始喷洒霉特灵、腐霉利、多霉灵等农药及时防治，每隔5～7天一次，连用4～5次。
