根据多年实践经验，水稻薄膜育秧应注意的三个关键时期是：封闭期、炼苗期和揭膜期。
封闭期也就是水稻从播种到一叶一心时期。这时期薄膜要严密封闭，创造薄膜内高温高湿条件，促进稻种迅速扎根立苗。膜内温度控制在30℃～35℃，如果超过35℃时，则及时在中午揭开两头薄膜通风降温，防止秧苗“烧”伤，下午四时左右覆盖薄膜保持适宜温度；如果低于30℃时，则全天密封薄膜并在中午灌满薄膜外子沟水，保温或增温防止秧苗受冻。膜内相对湿度保持85﹪～95﹪为宜。
炼苗期也就是一叶一心到二叶一心期。用4～5天时间进行炼苗，采用“两头开门—前后（左右）开窗—一边揭膜—日揭夜盖—最后全揭”的循序渐进办法炼苗，逐渐使秧苗从膜内环境向膜外气候环境适应。同时注意保持苗床湿润，防止秧苗因生理缺水而造成青枯甚至死亡。
揭膜期也就是二叶一心到三叶期。通过炼苗，秧田已经适应自然气候环境，气温稳定在13℃以上时，进行灌水并完全揭掉薄膜。灌水一般以苗床湿润为宜，利于培育壮秧（若出现低温或高温则可进行漫灌，使秧苗不受高温灼伤或低温的冻伤）。
