防治番茄烂根的方法也是多种多样，但具体使用方法还需找准病根，对症下药：
1.择抗病品种。冬暖棚栽培的品种应采用无限生长型、大果、耐寒、耐阴、抗病的优良品种。
2.施有机肥。容易发生沤根的土壤多是粘重、透气性差的粘壤土。有机肥不但营养全面丰富，而且能有效改善土壤团粒结构，增加土壤通透性，预防病害的发生。
3.前高温闷棚。特别是重茬的土壤内有多种致病菌，高温闷棚可杀菌防病，方法是：在定植前7～10d，将棚内土壤深翻20cm，喷洒多菌灵杀菌剂，盖好薄膜使棚内温度达50～60℃，闷棚5～7d，重茬病重地块可重复2～3次。
4.制浇水次数和时间。冬暖棚由于温度低，土壤水分蒸发较少，应适当控制浇水，不能大水漫灌，也可隔1行浇1行。浇水的时间应掌握在寒流尾，暖流头，寒流或连阴天时不能浇水。
5.高夜温。影响冬暧棚蔬菜生产的制约因素主要是夜温，提高夜温方法主要是加厚草苫，厚度以白天盖棚后棚内不见光为准。双层膜覆盖，即夜间草苫上加盖一层薄膜，既可保温，又可保护草苫不受雨雪侵蚀。
6.强棚内通风透光。冬暖棚内特别是浇水以后（在保证棚温的前提下）应增加通风透光量，减少棚内空气和土壤湿度，防止病害发生。
7.茬换土。任何蔬菜长期在同一地块内种植，会造成病原菌大量繁殖，倒茬换土是防止重茬病害发生的有效措施。
8.枯病防治：发病初期用72％农用链霉素4000倍、或77％可杀得可湿性粉剂500倍、或25％络氨铜水剂500倍灌根，每株用药液300～500mL，每隔8～10d灌1次，连灌2～3次。
9.萎病防治：发病初期可用70％甲基托布津可湿性粉剂800倍、或50％多菌灵可湿性粉剂600倍、或70％恶霉灵可湿性粉剂2000倍灌根，每株用药液100mL，7～10d灌根1次，连续进行3～4次。
10.腐病防治：发病初期用72，2％普力克水剂600倍、或64％杀毒矾可湿性粉剂500倍、或97％恶霉灵可湿性粉剂2500～3000倍、或70％恶霉灵可湿性粉剂2000倍灌根，每株用药液100mL，7～10d灌根1次，连续进行2～3次。
11.基腐病防治：发病初期用97％恶霉灵可湿性粉剂2500～3000倍、或20％甲基立枯磷乳油1200倍喷洒茎基及土壤、或在病部涂抹200倍五氯硝基苯粉剂加200倍50％福美双可湿性粉剂。也可在茎基部堆施97％恶霉灵可湿性粉剂加萘乙酸药土，在病株基部覆堆，把病部埋上，促其在病斑上方长出不定根，可延缓寿命，争取产量。
