1、轮作倒茬。同一块田上最多栽植两年，并采取水旱轮作，降低土壤菌源量。
2、选用无病种藕和种藕消毒。种藕带菌是腐败病发病的主要菌源。在种植藕前，将种藕用60%多菌灵或可湿性甲基托布津800倍液，或75%百菌清800倍液，浸泡30分钟捞出晾干后播种。
3、清除病株和藕田土壤处理。彻底清除发病藕田病株及病残体，并深埋或集中烧毁。种植前(一周以上)每亩施石灰氮50-100公斤或用55%敌克松1公斤进行藕田土壤消毒，既杀菌清洁田园，又可加速有机肥的分解。
4、合理施肥。基肥应以有机肥为主，肥料必须充分腐熟。对土壤酸性重、还原性强的土壤中。生长期间注意氮、磷、钾肥的配合施用，有条件的地方应增施硅质肥料，提倡补施硼、锌、钼等微肥，切勿偏施化学氮肥，以提高植株抗病能力。
5、药剂防治。发病初期用70%甲基托布津可湿性粉剂800-1000倍液，或用60%多菌灵可湿性粉剂加75%百菌清600-800倍液喷雾。喷洒叶面或叶柄，连喷2-3次，能有效地减轻或控制此病的蔓延。
