可以使用噻菌铜、农用链霉素、中生菌素、叶枯唑、氯溴异氰尿酸或松脂酸铜等药防治。萝卜根腐是很常见的，水肥的不合理，土壤轮作、田间积水等等，都会导致萝卜的根腐。因此，萝卜根腐防治，要步骤进行，在萝卜种植的各个阶段进行详细的防治措施。
在耕作时期要注意，连作的耕作制度会造成土壤肥力养分的失衡，造成严重的病害和虫害。因此建立三年以上的轮作制度很重要，在病害严重的地段，还要进行休耕，来缓解土壤病害，并且在休耕后注意肥土措施。
水分管理注意事项：病害的传播途径一是下雨，二是浇水。下雨是不可控因素，因此，要格外关注浇水。科学的浇水方式以喷灌和滴灌为主，但是成本往往较高，因此，浇水时，坚持勤浇水少浇水的原则，也能很好预防病害的传播。
施肥管理注意事项：基肥一般在萝卜种植前进行，但是基肥施入的有机肥要完全腐熟后才可使用。未腐熟的有机肥本身存在大量病菌，施入土壤会造成严重病害，且有机肥在分解过程中会产生大量热量和有害气体，灼伤幼苗。可以将有机肥施入土壤中40天以上再进行萝卜的种植。
