菌核病是为害平贝母鳞茎最严重的病害，染病植株早期叶片逐渐变成紫色或黄色，叶缘向下卷曲。鳞片被害时产生黑斑，病斑下组织变灰，严重时整个鳞片变黑，皱缩干腐，鳞茎表皮下形成大量小米粒大小的黑色菌核，发病严重时造成整株枯萎而死。
防治方法：1.合理轮作，引种时要严格检疫，避免引进带病种子。并使用消毒剂进行脱毒处理后再行种植，可大大减少田间病菌源。2.加强田间管理，施用有机肥需充分腐熟后方可使用，以减少因肥带入菌核病病菌。3.发现染病植株要及时将病株和周围土壤一并挖出，并用石灰粉消毒，以有效减少田间病菌源，避免对健康植株造成为害。4.平贝母出齐苗后要适时喷施杀菌剂进行预防，并结合叶面喷施地果壮蒂灵以提高平贝母吸水吸肥能力，促使鳞茎快速膨大发育，抗病性增强。对已发病的植株可结合叶面喷施杀菌剂和灌根处理，以有效防控菌核病为害。