玉米穗腐病在全国很多区域都有发生。防护措施不可少，湿度是关键，因此在防治策略上，必须以农业措施为基础，充分利用抗病品种，改善贮存条件，农药灌心与喷施保护相结合的综合防治措施。
选用抗病亲本或品种，选用对穗腐病具有优良抗性的亲本及组合，建立无病制种基地，适期早播用新高脂膜600——800倍液喷雾土壤表面，可保墒防水分蒸发、防晒抗旱、保温防冻、防土层板结，窒息和隔离病虫源，提高出苗率。
生长过程中要合理除草、施肥、浇水、除虫，喷施农药加喷施壮穗灵能强化农作物生理机能，提高受粉、受精、灌浆质量，增加千粒重。
玉米收获期是多秋雨，收获后的果穗不要堆集过厚，要及时剥掉苞叶，防雨淋湿受潮，打结成串挂在通风向阳处晾晒，防止受热而发病，折断病果穗霉烂顶端，防止穗腐病再新扩展。晒干后将病果穗挑检出，尽早脱粒，并在日光下晾晒或在土坑上烘干，以防籽粒进一步受病菌感染霉烂。
