良好的自然条件其包括温度、光照、水分、肥力、土壤质地，隔离条件、无霜期长短和交通情况等，它必须最有利于杂交制种。
1、基地无霜期要超过120天。辣椒定植到大田后，大约过30天才可以授粉；一般辣椒开花期在30-50天之间，授粉期也是在30天左右；授粉后约经50-70天生长，辣椒果实达到生理成熟，方可采种。辣椒从定植开始，授粉到采种在大田中需要生长110-130天。
2、连续日平均温度在20-25℃的天数不少于70天。日平均温度20-25℃，最高温度低于30℃，最低温度高于15℃最适宜辣椒的生长。这种条件下，辣椒从授粉到果实成熟，大约需要50-70天。
3、授粉季节降雨较少。辣椒杂交授粉需在大田进行，不仅影响辣椒的坐果结实，而且影响授粉人员的工作，在选择制种基地时，定要选择有一个降雨较少且干燥的季节，以安排作授粉期。
4、辣椒制种是劳动力密集型工作，需要大量的劳动力。一般母本地67平方米，大约需要投入300个劳动日，用工时间在30天左右。因此，在选择基地时，一定要充分考虑劳动力资源这个因素，根据劳动力的人数来安排制种面积。
5、作物茬口的选择。授粉期必须安排在主栽作物的农闲季节。否则，很难集中劳动力进行授粉，影响杂交制种的产量和质量。
6、基地要避开灾害性气候常发生的地方。灾害性气候一般指冰雹、洪水、干旱、风暴等自然灾害。
耕作条件辣椒杂交制种基地必须有一定的耕作条件，如栽培用地、灌溉条件和道路设施、隔离条件等，制种地要能形成一定的制种规模，以保证种子生产区域化。
