病虫害防治工作应该以预防为主，不要每次都等到难以挽回的时候才进行防治。
常见的病害有疫病、灰霉病、霜霉病等。如果已经发生，要及时进行喷药，对于发病严重的植株进行拔除，并集中销毁，并根据病害进行喷药。
影响秋黄瓜生长的虫害主要有蚜虫、蓟马、烟粉虱等。当秋黄瓜发生虫害问题之后，可以在田间悬挂黄板捕虫，或者使用化学药剂杀虫，可以选用10%的吡虫啉喷施，或者使用异丙威烟剂、3%的高效氯氰菊酯烟剂进行烟熏杀虫。
需要注意的一点是，在黄瓜开始采摘之后就要停止给黄瓜用药，且最后一次用药与黄瓜采摘时间间隔尽量拉长，避免黄瓜农药残留过高，影响黄瓜品质。
