小麦锈病发生的早晚和轻重，主要取决于寄主、病原和环境条件的综合作用。
1、寄主。小麦品种不同，感病性也有差异。大面积种植感病品种是引起锈病流行的基本因素。一个小麦品种对一个地区的锈菌生理小种具有抗性，对其他地区生理小种不一定有抗性。此外，由于病菌的变异还会产生新的生理小种，往往引起抗病品种抗病能力衰退或消失，因此，要进行病菌生理小种的分布及其变化的调查，进行经常性的研究。
2、菌源。菌源量大，致病力强，是锈病发生流行的先决条件。小麦锈病是专化性很强的专化寄生菌，同一种锈菌中存在着不同的生理小种。而这些小种致病性常发生变化，产生新的小种，造成原抗病品种抗性“丧失”。
3、环境条件。湿度：三种锈菌，必须在叶面有水滴，水膜或空气湿度饱和的条件下，才能萌发侵入寄主，因此，结露，降雾，下雨都有利于锈病发生。
温度：三种锈病的发生，对温度的要求不同。条锈病最适合温度9-16℃，叶锈病为15-22℃，秆锈病为18-25℃，因此，一般是条锈病在春季发病最早，叶锈病次之，秆锈病最迟。
栽培管理：一般地势低洼土质粘重，排水不良，氮肥偏施过迟，植株密度大，荫蔽，生长柔嫩，成熟期延迟，均有利于病菌的侵入和为害，发病较重。
防治方法
1、根据各地条件合理选用抗病品种，尽可能选择能抗多种生理小种，既具有成株抗性，又有苗期抗性的品种。还要建立种子田，防止抗绣良种混杂和丧失抗性。在推广抗病良种时，要做好品种合理布局，防止品种单一化。
2、消灭田间菌源加强麦田管理，在冬小麦越冬前，返青时，要随时检查病情，发现病叶和发病中心，应彻底铲除，以防传播蔓延。及时灌水和排水。合理施肥，避免偏施氮肥和过晚施肥，以防止造成贪青晚熟，加重锈病为害。麦收后及时深翻，消灭麦田中自生麦苗。以减少越夏菌源。
3、药剂防治。小麦拔节后，搞好田间调查，如雨水较多，田间又有病害发生，则应及时进行药剂防治。
常用药剂：25%三唑酮可湿性粉剂35g，在发病初期兑水50kg，第一次喷药，在感染时第二次喷药;25%丙环唑乳油，每亩34ml，兑水75kg，喷雾;25%粉锈宁1000倍液，一次喷药后的防效可保持30天左右，兼防白粉病等。采用干拌种方法，对对苗期发病防效好。可用15%三唑酮可湿性粉剂55-60g，或25%粉锈宁可湿性粉剂120g拌100kg麦种，拌匀后闷1-2小时播种，麦田于收获前15-20天应停止药剂防治。
