番茄畸形果的发生主要是由于环境条件不适宜。其中，扁圆果、椭圆果、偏心果、双（多）圆心果等畸形果发生的直接原因是在花芽分化及花芽发育时，营养土中化肥过多，造成土壤中速效养分含量过高，根系吸收的大量养分积累在生长点处，肥水过于充足，超过了花芽正常分化与发育需要量，致使花器畸形，番茄心室数量增多，而生长又不整齐，从而产生上述畸形果。如遇上低温，即夜温低于8℃、白天温度低于20℃时，且地温低，呼吸消耗少时，更会加重病情。
指突果是在子房发育初期，由于营养物质分配失去平衡，而促使正常心皮分化出独立的心皮原基而产生的。
桃形果是由于植株老化，营养物质生产不足引起形成的心室减少，子房畸形发育而成。使用2，4－D等激素蘸花时，浓度过高，会加剧病情，增多桃形果数量和严重程度。有人认为，番茄的花向下开放，蘸花或喷花后，多余的生长素液滴残留在花的幼小的子房尖端，使果实不同部位发育不均，引起子房畸形发育，形成桃形果。
营养条件差、本来要落掉的花虽经蘸花处理抑制了离层形成，勉强坐住了果，但因得到的光合产物少，长不起来或停止生长，就形成了豆形果或酸浆果。
菊形果系心室数目多，施用氮、磷肥过量或缺钙、缺硼时易产生。
