当归的幼苗不宜露地越冬，因露地越冬苗的抗旱能力差，且在田间通过春化作用抽薹率高，所以应在地冻前将幼苗掘起贮藏。
当归起苗时间应在温度下降到5℃左右，地上叶片开始枯黄时为宜，甘肃产区一般在寒露前后。四川产区在霜降前后。当归起苗应在晴天进行，防止雨淋引起烂根。
当归起苗时用小铲挖起幼苗，将苗子拔出，力求根系完整，严禁损伤芽和根体，抖掉泥土，切去叶片，保留1厘米长的叶柄，去除病、残、伤、烂苗后，按大、中、小分开，每100株捆成一把，摆放在阴凉干燥处的生干土上晾5~7天，使鲜苗外皮稍干，根体开始变软（含水量60%~65%)，叶柄萎缩后就可贮藏。切忌晾晒时间过长，苗子失水过多。
当归贮苗的方法有窖藏和堆藏两种，以堆藏的抗旱能力最强，窖藏的抗旱能力较差。有条件的最好在0℃以下冰冻贮藏。堆藏是在无烟避风的室内，用干燥土坯砌成长100厘米、宽100厘米的方形坑，坑底铺一层土，然后将苗子由中心向外摆放一层，尾部向中心，头部向外，每层最外一圈，苗的头部与坑壁之间留6厘米宽的空隙，如此一层苗一层土，将坑贮满，最后覆一层厚土，顶部成鱼背形。也可以不砌坑，在地上一层一层贮藏，最后覆土成馒头状。如果种苗数量少，还可用筐进行层积贮藏。
窖藏应选干燥、阴凉、无鼠洞、不渗水的地方挖窖，窖的大小按苗的多少而定，方形、圆形均可。在窖底先铺一层干湿适宜的生土，厚约3厘米，然后放一层苗子，铺一层土，如此依次存放6~7层，高约65~75厘米，最后覆土高出地面，以防积水引起腐烂。放苗时要头尾交错，排列整齐。
