菌种鉴定一般包含两方面内容：一是经分离或引入的菌种是否是生产中所需的菌种；二是识别已知菌种的优劣。鉴别的方法很多，但不尽完善，要达到较理想的效果，需从形态、生理、栽培和经济效益等方面进行综合检测、评价。这里仅将几种常用、简便、易行的方法予以介绍供生产中参考。
培养对象的识别法
1、菌丝的形态和特征：这里指的是，当提供生产中应用的灵芝斜面菌种或原种、栽培种，能从菌丝的形态上识别出它是否是灵芝，避免张冠李戴，失去了生产目的。
①斜面菌种的形态：菌丝体白色绒毛状，菌丝粗壮，平贴，先端生长整齐，菌苔较厚实。随着生长时间延长，易于老化，菌丝体变黄色直至棕褐色，最后形成坚实的菌被。镜检菌丝细长，分枝、分隔，纵横交错，并可见到白色草酸钙晶体。
②原种、栽培种形态：菌丝体白色绒毛状，先端生长整齐，培养基色泽转淡，索状菌丝明显。随着菌丝往下生长，料面逐渐形成黄色和棕褐色，菌被厚实。瓶壁、料面易发生白色突起的原基。
2、不同菌株的识别同一种灵芝经过分离或杂交，其后代性状将产生分离，形成许多不同的菌株。它们在形态上很难区别，易造成同名异种或异种同名的混乱现象。要鉴別是否同一菌株，可采用对峙反应是否产生“带线”加以区别。
对峙反应的试验方法是，用1支无底试管，中央部位装入长5~7厘米的木屑麸糠培养基，两端压平并制好棉塞，常规灭菌后，两端各接人两种受检的灵芝菌种1小块，28℃下培养，当两端菌丝往中央生长并相互接触后，把试管移至25℃，约300勒克斯的漫射光下继续培养，观察菌丝接触区有无对峙反应。若无褐色的带线出现，表示两个受检菌株的基因极相似或相同，是相同菌株；反之，则为不同菌株。
对峙反应也可用平板进行测试，方法是在无菌的PDA培养基平板上各接入2个或多个被检菌株的菌种，如上述条件下培养，观察菌丝相接触区有无带线，以区別相同或不同的菌株。
灵芝菌种质量简易的质检法
它是实践中摸索出的一种通过感官识别灵芝菌种优劣的方法。
1、宏观检测法：即“纯、正、壮、润、香”五字质检法。好的菌种表现为：
“纯”菌种的纯度高，无杂菌感染，无斑块，无抑制线，无“退菌”、“断菌”现象等。
“正”菌丝无异常，具有亲本正宗的形态特征。如菌丝纯白绒毛状、生长均匀整齐，连结成块，具弹性，有菌被，料面棕褐色。
“壮”菌丝发育粗壮、生长旺盛，分枝多而密，在培养基上恢复吃料快。
“润”菌种含水量适中，培养基湿润，与管（瓶）壁紧贴，瓶肩内壁具水珠，无干缩、松散、积液现象。
“香”具灵芝特有的香味·无霉变、腥臭和酸败气味。
2、菌丝长速测定：在相同的条件下，凡菌丝生长迅速、粗壮有力、浓密整齐，一般为优良菌株。反之，菌丝生长缓慢、中断或长速特快、稀疏无力、参差不齐，易枯黄萎缩等，则为劣种。
菌丝长速测定的最简易而实用的方法是，在转管或扩制原种、栽培种时，在相同的接种时间和相同的培养条件下，接入各个被检测的菌株，当菌丝生长后，每个菌株随机取样5~10瓶（管），每天定时观察长势和在菌丝先端的瓶（管）壁相应位置划线，约1周后，量出菌丝的生长长度并计算出每天各菌株菌丝的平均生长速度。
3、耐高温测试：将转管后的母种置28℃下培养1周，取出换至35℃下培养24小时再放回28℃培养。经过偏高温处理后，若菌丝仍健壮、旺盛生长，则表明该菌株具有耐高温的优良性状。若菌丝生长缓慢，出现发黄倒伏、萎缩无力，则为不良菌株。
4、纯度、长势测定：锥形瓶或蘑菇瓶内装入浅层液体培养基（如PDA内除去琼脂），灭菌后接人经捣散的被检菌种，28℃下培养，约1周观察。若有气泡和菌膜发生，并具酸败味，说明菌种中混有杂菌，若无上述现象，则菌种纯净无杂。再观察浮在液面上的菌种，如果菌丝向四周生长较快、健壮、有力、边缘整齐、菌丝层木断增厚，说明该菌株生长势强；若表面生长慢、稀疏、菌丝层薄，则说明长势差。
灵芝菌种质量栽培指标鉴定法
采用一定的规模，经过不同地区、不同原料、不同方式，进行反复多次栽培观察、记录、考种、评比等，凡具有优质、高产、高抗和遗传性稳定性强的菌株，才是可推广的优良品种。它是菌种质量鉴定最可靠的方法。鉴定的指标主要有：
1、成活率：将菌种接在适合的培养基上，若菌丝能很快恢复、定植和蔓延，成活率很高，是质量好的菌种。反之，接种后恢复慢、成活率不高是质量差的菌种。
2、出芝快慢：接种后菌丝分解培养料能力强，培养前后培养料失重大，出菇快而多，总产高即为好菌种。反之，为劣种。
3、产芝间隔：在一个生产周期中，子实体发生分为数潮（批）次，产芝最多时为芝峰，最低时为芝谷，每个芝峰和芝谷构成1潮芝。凡芝潮多，间隔时间短，说明菌丝分解能力强，供子实体发生的养分积累多，转潮快，是好菌种。反之，芝潮间隔时间长，或不明显，零星出芝，质量低，即为差菌种。
4、干燥率：鲜芝经干制后干燥率高，说明转化率高，子实体含水分低，为优质菌种。
5、生产效率：即生物学效率，指每100千克干料可产多少千克鲜菇的百分率。生物学效率高，则为好菌种。反之为劣种。
