由于三七栽培年限长（2-3年），且又生长于荫蔽高湿的栽培环境下，因此三七病害较多且蔓延迅速，主要病害有黑斑病及根腐病。三七虫害一般不构成危害，整个生育期用辛硫磷防治1-2次即可。
1、黑斑病：于雨季流行蔓延，表现为叶片、茎发生浅褐色椭圆形病斑，继而凹陷产生黑色霉状物，严重时出现扭折。防治方法为发病初期用40%菌核净500倍液+70%甲基托布津500倍液叶面喷雾，或45%代森铵水剂1000倍液叶面喷雾。
2、根腐病：三七根腐病为土传病害，主要发生于出，苗期（3-4月）及开花期（8-10月），其症状为叶片垂萎发黄，块根或根茎腐烂。防治方法为发病初期用10%叶枯净+70%敌克松+25%粉锈宁各lkg/亩，拌细土150kg制成药土撒施有较好的防治效果。
