中草药的施肥目标，不仅要考虑如何提高药材产量，同时应注重提高中草药的药效。至于如何将平衡施肥的原理用于中草药的施肥，首先要看到中草药的植物种类繁多，对于不同药用器官的中草药来说，为了获得较高的药材量和足够的药效，必须针对药用器官特性在施肥上有所区别。
中草药施肥要在有机肥的基础上施用适量的化肥，肥料可分为有机肥和无机肥，也就是指农家肥和化肥两大类。二者的配合施用才有助于产出和药效的综合提高。近年来一些研究表明，单独多用有机肥也不完全适合于各种药材植物，如人粪尿用在人参和西洋参上容易抑制须根的发育；在黄芪上全部施有机肥的效果不如施专用复合肥的效果好。
在施用有机肥的基础上化肥的施用原则为：谨慎施用化学氮肥，重视配施化学磷钾肥，巧施中微量元素肥料。例如，以花和果为药用器官的中草药植物，要注重配施磷钾肥；以根和鳞茎为药用器官的中草药植物，要特别注意钾肥的施用。对于各种中草药植物的施肥来说，化学氮肥的使用都要特别谨慎，过量施氮会导致药性降低或者徒长与烂根。由于中草药植物既要获取适量的药材又要有较高的药效，根据近代药物化学的研究表明，起药物作用的有效成分大部分都是一些体内次生代谢产物，为了这些成分的产出和作用效果，在施肥供应上不仅要保证大量元素，还需要微量元素的参与。但很少量的微量元素肥料（一般用量在每亩4两至两公斤之间，因不同元素而异）通过土壤使用时，必先和大量有机肥掺混后才可施得均匀。当微量元素肥料直接喷施时，一定要把握肥液的适当浓度和使用次数，这样才有预期的效果。
