中药材种植初期三种肥料要慎用，以免对种子和幼苗造成伤害。
尿素
在作物生产中经常会用到尿素，但是使用尿素在作物生产过程中会生成少量的缩二脲，这种物质含量仅仅2%就可以对种子和幼苗可以产生毒害。含氮量高的尿素分子也会透入药材种子的蛋白质分子结构中，使蛋白质变形，影响药材种子的发芽。
含有害离子的肥料
化肥中含有氯离子，如氯化钾、氯化铵，施入后会产生水溶性的氯化物，对种子发芽和幼苗的生长不利;另一类含有硝酸根离子的肥料：硝酸铵、硝酸钾，对种子发芽影响很大。
含有腐蚀作用的肥料
用碳酸氢铵和过磷酸钙等作为种植中药材种肥，对种子的发芽和幼苗都会产生严重危害。如果种植土质很差，非需要用到此类肥料，那么一定要注意使用方法：可将其施在沟下或底层，上面覆盖一层细土后再撒播药材种子;也可将过磷酸钙与土杂肥混合均匀后施用。在种植中药材时应避免这类化肥与药材种子的幼苗直接接触。
