黄连种植喜冷凉、湿润、荫蔽，忌高温。翌春3－4月出苗，出苗前应及时除去覆盖物。移栽后3～5天，有缺苗立刻补苗，并要施肥、清粪水或猪粪水助苗成长，发根后一个月施硫酸铵7.5～10千克，10～11月每公顷施腐熟牛马粪30000～37500千克，前期以氮肥为主，后期再撒一层薄熏土，以后每年春秋各施肥培土一次，春季每公顷施硫酸铵112.5～150千克或人粪尿或腐殖质上15000～22500千克，冬肥每公顷37500～60000千克腐熟牛马粪或饼肥过磷酸钙、石灰等。冬肥施后都要培熏土，3---4年后少施氮肥或不施氮肥。以磷、钾肥为主，注意收获前不能追肥。黄连种植从小苗至收获除草很重要，见草就除，小苗期用于拔，做到除草。除小、除净，除草同时注意培土，先薄后厚逐年增加，第二年1.5厘米厚，第三、四年1.5～3厘米厚。在管理中应注意调整遮荫度，3年内遮荫要经常检查，有缺遮荫者赶快遮上，遮荫逐年减少，如果是架子棚，在收获当年于种子收后，揭去遮荫材料，让黄连在日光下生长，使养分向根茎转化，使根充实，如做扦插繁殖材料的黄连，至收时才能扯棚，若林间栽黄连，栽后第三年开始砍修树枝，遮荫50％，第四年30％，第五年20％。
黄连一般在移栽后3年收获，宜在11月上旬至降雪前采挖。采收时，选晴天，挖起全株，抖去泥土，剪下须根和叶片各分装，即得鲜根茎，俗称毛团。鲜根茎不用水洗，应直接干燥，干燥方法多采用就地土炕，注意火力不能过大，要勤翻动，干到易折断时，趁热放到槽笼里撞去泥沙、须根及残余叶柄，即得干燥根茎，分别存放统货黄连、槽笼漏下的灰砂。须根、叶片、灰砂经干燥去泥沙杂质后，亦可入中药材。
留种技术：
黄连移栽后1-2年就可开花结实，栽移第4年所结种子数量大（每亩可产10公斤左右），子粒充实饱满，发芽率高，最适合作种。立夏前后，当果实变成黄绿色并出现裂痕，种子变黄绿色时，晴天采收，采收后，经2-3天果实全部开裂后，抖出种子，摊放室内湿润处，厚约1厘米，每日翻动1次，以防发热霉变，一般可保存半个月左右。若贮藏较长时间，可于室外树下湿度适宜处挖穴，或选条件适宜的岩洞，将种子与3-5倍的细砂或砂质腐殖土（含水量25-30%）拌匀，放入摊开，厚约1-2厘米，上面薄盖一层湿沙或腐殖质土。封好洞口，稍留缝隙通气。定期检查，湿度不够应淋水。
