菜籽枯没有发酵直接施肥会在花土中继续完成发酵过程。发酵时产生的温度会烧坏植物的根系，产生的气体会排挤氧气，让植物的根部缺氧枯根，还会让厌氧菌的繁殖力加快，导致植物的根系被细菌侵蚀。因此没有发酵的菜籽枯不能直接当作肥料使用。
菜籽枯的发酵有两种方法：
（1）水发酵：
用大的塑料水桶灌上大约桶容积的2/3，然后将菜籽枯放到水桶中，加到离水桶口大约10公分的位置，用铁铲直接搅动，让菜籽枯全部浸泡到水，遇水膨胀后刚好和水桶的口持平。然后盖上桶盖，留取几个透气小口，大约15天就可以完成发酵了。
发酵以后的菜籽枯肥水养分过于充足，不能直接浇花。可以先把残渣过滤掉，这些残渣晾干备用，以后可以用来当作营养土。浇花的时候将菜籽枯的发酵水兑水1:3的比例，就可以浇灌在花土上了。
（2）半干湿发酵：
收集一些腐叶和一些淘米水，将菜籽枯打碎和腐叶一起搅拌均匀，然后用淘米水打湿，装进大的容器中，盖上塑料薄膜，每三天去袋通风，等到手摸菜籽枯没有湿润的时候，重新倒出菜籽枯用淘米水打湿，再装进容器中，反复进行大约5次，将菜籽枯闲置大约15天以后，就可以做肥料了。
干发酵的菜籽枯养分偏高，作为花肥的时候，要做到薄肥形式供给。通过松土的方式将菜籽枯有机肥以穴埋在浅表土的方式进行施肥，挖施肥坑靠近花盆边缘，挖坑注意不要太深，破坏到根系，伤根施肥会让施肥时烧到根系破皮的地方。