改良土壤，要根据实际土壤的监测结果来决定。健康而肥沃的土壤有一些共同特征：疏松透气，有机质含量丰富，微生物群落健康，虫类活动活跃。目前土壤面临的主要问题是有机质含量过低，这直接导致土壤结构问题，如过于黏重、透气透水性差，或结构单一无法含蓄水分养分。
有机质是土壤肥沃的根本，它支撑着土壤生态系统的运行。真正的土壤是一个完整的生态群落，有机农业强调植物、土壤、微生物和虫类的协同发展。作物只是这个群落的组成部分，不能为了产量而打压其他生态要素。
有机肥相比化肥的优势在于，除含氮磷钾外还含有微生物群落和中微量元素。使用有机肥种植的农产品在质量和产量上往往更好。现代农业的最优策略是化肥与农家肥配合使用。然而机械化作业跟不上，人力成本太高，导致很多农民不愿费时费力往农田拉运农家肥。
近年来推行的秸秆还田是改善土壤的有效措施，虽然效果不如大量施用有机肥，但比焚烧秸秆更有益于土壤健康。国外农场普遍采用机械化的有机肥施用方式，这是值得我们借鉴的。