在自然环境下，红豆杉的播种繁殖过程比较缓慢，而且出芽率也比较低。人工播种需要提前对种子进行必要的处理，以提高出芽率。播种前除了要将果实上坚韧的外皮搓洗掉之外，还需要对挑选出的健壮、饱满的种子进行催芽处理。
种子处理过程中要将晾干多余水分的种子与湿润的河沙拌匀，比例为1:3，放在0℃-10℃的低温环境下沙藏。每隔2个月左右翻堆处理，挑出状态不良的种子。沙藏期间需保持荫蔽环境，并注意喷水保湿。经过这样的处理，种子一般在第二年1-3月会出现露白现象，此时便可进行播种繁殖。
另一种处理方法是将采收的带果皮种子直接放入塑料袋内，保持湿度进行沙藏。到来年3月下旬后，可将带果皮的种子直接播入土壤中。也可用5%盐酸溶液浸泡种子1小时，清水冲洗晾干后荫蔽贮藏，第二年2月即可播种。
播种前2周进行催芽时，先用40℃温水浸种20分钟，再用适当稀释的赤霉素溶液浸泡，待种子充分吸水膨胀、胚根露白后即可播种。种子催芽过程中要注意保持适宜的低温和湿度环境。