一、炭疽病。炭疽病是一种常见的真菌病害，主要危害鸟巢蕨的嫩叶。开始时在叶缘或叶尖出现水渍状近圆形的暗褐色小斑，随后病斑扩大成不规则大斑块，颜色变为焦黄色，边缘有浅红色晕圈，最终病斑灰白色并出现黑色斑点，严重时整叶死亡。防治以预防为主，新叶形成时的梅雨季节和高温湿润季节应喷药预防，保持适宜温湿度，叶片干燥，及时清除病残体。
二、褐斑病。又称叶斑病或叶枯病，常发生在叶片顶端。初期为圆形黑斑，扩大后呈圆形或近圆形，边缘黑褐色，中央灰黑色有小黑点，后期病斑迅速扩大，叶片变黑干枯。主要通过落叶传播，高温多湿季节易流行。发现病株应立即隔离喷药或剪除焚烧，可用50%多菌灵1000倍液等药物防治。
三、线虫病。由白色线状软体虫引起，病株发生褐斑萎蔫后逐渐枯死。防治方法包括清除受害叶片破坏线虫生长环境，使用10%克线磷或25%丙线磷等杀虫剂喷杀，施药后覆盖新鲜黄土。也可用43℃热水浸泡植株10到15分钟进行防治。