石菖蒲和山奈都是具有药用价值的植物，但它们在外形、花朵和根茎等方面存在显著区别。
石菖蒲的叶片较窄，呈线形，长20-30厘米，叶片偏薄，颜色呈暗绿色，叶基部对折，中部以上平展，看起来流畅。山奈的叶片则为圆形或阔卵形，平卧在地上，叶子绿色，叶脉约10-12条。
石菖蒲的花序腋生，呈三棱形，叶状佛焰苞长13-25厘米，花为肉穗花序，圆柱状，上部渐尖，花穗多直立，花色为白色，花果期在2-6月。山奈的花则是穗状花序，每一枝花上有4-12朵小花，花冠为白色，呈狭披针形，苞片为绿色，花期7-9月。
石菖蒲的根是肉质根，须根较多，根茎芳香，新鲜的根有脆感。山奈是宿根草本植物，其根茎为块状，根部表面呈绿白色或淡绿色。
石菖蒲喜阴湿环境，不喜光照，适宜在半阴且潮湿的环境中生长，若在光照充足的地方，叶片会被灼伤。山奈则多生长在热带地区，喜欢温暖、向阳的环境，种植地土壤需疏松透气、排水良好。