球根海棠常受灰霉病和白粉病的侵害，导致植株叶片发黄、干枯，球根腐烂，严重影响植株生长发育及开花。
灰霉病为害球根海棠的茎、叶、花、根，尤其以茎部最为严重。被害初期茎基部出现水渍状病斑，后扩大成软腐状，使病株倒伏。叶片初期产生黄褐色小病斑，后扩展成大斑并腐烂。湿度大、温度高、植株过密易引发此病，根部可见灰褐色霉状物。
防治灰霉病需保持通风透光，避免湿度过大。及时清除病枝。发病初期可喷施50%代森铵800-1000倍液或75%百菌清500倍液，每10天喷1次。
白粉病在苗期到成株期均会发生。主要为害叶片，受害部位出现白色霉点，后扩展成白粉状病斑。植株过密、高温高湿、通风不良及氮肥过多时易发病。江苏苏北地区6-8月为发病高峰期。
防治白粉病要加强养护。发病初期可用15%粉锈宁1000-2000倍液。家庭养花可将硫磺粉包于纱布中，早晨露水未干时涂抹病部，连续2-3次。