土壤是病虫害传播的主要媒介，也是病虫害繁殖的主要场所。许多病菌、虫卵和害虫，都在土壤中生存或越冬，而且土壤中还常存有杂草种子。因此，不论是苗床用土、盆花用土，还是露天圃地，使用前都应彻底消毒。常用的土壤消毒法如下：
一、高温处理
1.日光消毒：将配制好的培养土放在清洁的混凝土地面上、木板上或铁皮上，薄薄平摊，曝晒3-15天。
2.蒸气消毒：
锅蒸消毒法：把营养土放人蒸笼内，加热到60-100℃，持续30-60分钟。
消毒柜消毒法：将培养上装入柜(桶)内，打开进气管阀门，让蒸气进入土层的间隙，30分钟后可杀灭大部分细菌、真菌、线虫和昆虫。
3.水煮消毒：把培养土倒入锅内，加水煮开30-60分钟，然后滤去水分，晾干到适中湿度即可。
4.火烧消毒：
炒灼法：保护地苗床或盆插、盆播用的少量土壤，可放入铁锅或铁板上加火烧灼，待土粒变干后再烧0.5-2小时。
燃烧法：在露地苗床上，将干柴草平铺在田面上点燃，翻耕后还能增加一部分钾肥。
二、药剂处理
1.甲醛(福尔马林)：
每平方米50毫升甲醛，加水6-12升；或每0.1平方米40%甲醛40毫升，加水1-3公斤。
每立方米培养土中均匀撒上以40%甲醛400-500毫升，加水50倍配成的稀释液。
用0.5%甲醛喷洒床上，拌匀后堆置，用薄膜密封5-7天。
砂石类基质可直接用50-100倍甲醛液浸泡2-4小时，排除药液后再用清水冲洗2-3遍。
2.硫磺粉：
在翻耕后的土地上，按每平方米25-30克的剂量撒入，并翻地。
每立方米培养土施入硫磺粉80-90克混匀。
3.石灰粉：
在翻耕后的土地上，按每平方米30-40克的剂量撒入石灰粉消毒。
每立方米培养土中施入石灰粉90-120克，并充分拌匀。
4.多菌灵：每立方米培养土施50%多菌灵粉4D克，拌匀后用薄膜覆盖2-3天。
5.代森锌：每立方米培养土施65%代森锌粉剂60克，拌匀后用薄膜覆盖2-3天。
6.五氯硝基苯混合剂：每平方米用量4-6克，与细沙混匀施入播种沟，播后用药土覆盖种子。
7.苏化911(基硫化胂)：每平方米土壤施入30%的苏化911粉剂2克。
8.敌克松(对二甲基氨基重氛钠磺化物)：
每平方米土壤用量为4-6克。
每立方米苗床撒施20克70%敌克松粉，轻耙一次后使用。
9.硫酸亚铁(黑矾)：
雨天用细干土加入2%-3%的硫酸亚铁制成药土，按每平方米100-200克撒入土中。
将硫酸亚铁配成2%-3%的溶液，每平方米用9升。
10. 甲霜灵、代森锰锌：每平方米苗床用25%甲霜灵可湿性粉剂9克，加70%代森锰锌可湿性粉剂10克，对细土4-5公斤拌匀。