小叶黄杨的养护管理包括浇水、追肥、除草、修剪和越冬管理。
浇水方面，4~6月是小叶黄杨苗木的生长高峰期，需及时补充水分。6~9月，由于高温和干旱，要保证苗木的水分需求，尽量多进行叶面喷雾，但要注意不能积水。10~11月，苗木生长放缓，应适当控制水分，并在11月底浇冬水，来年3月中旬浇返青水。
追肥应结合浇水进行，增施磷酸二铵45kg·hm-2和尿素30kg·hm-2，分次施肥。注意尿素应在7月后停止使用，以防止苗木徒长，冬季来临时因苗木未及时木质化而容易遭受冻害。
除草工作全年进行4~5次，原则是彻底清除圃地杂草，且除草时应避免伤及苗木根部。除草较深可以提高地温，有利于加快小叶黄杨苗木的生长。
修剪方面，小叶黄杨属于极耐修剪的灌木，修剪后枝条容易抽生。根据景观需要，可以进行多次修剪，以维持一定的造型。
越冬管理主要是针对2年生小叶黄杨的冬季保护。由于部分地区冬季寒冷且昼夜温差大，需要采取防护措施，如在入冬前用竹竿搭建架子并盖上无纺布，将无纺布底部四周压实等。