牡丹是多年生小灌木，需要每年进行修剪，才能够保持株形完美、生长旺盛、花大色艳，同时改善通风透光条件、减少病虫害发生。
有些资料认为牡丹修剪主要是在春季进行，而笔者通过多年的牡丹生产管理工作实践发现，牡丹的修剪工作重点应该放在秋季牡丹落叶后进行，春季只要进行一次疏蕾、除土芽即可达到植株健壮、花大色艳的目的。原因主要有三点：一是牡丹有枯梢退枝习性，俗话说：牡丹长一尺缩八寸即指此而言，由于当年生枝条上部各叶腋内无芽点的部分不能木质化，抗寒性差，冬天来临便自行枯死，仅剩下半部分越冬，这一部分才是牡丹枝条当年的实际生长量。10月下旬枝条的生长势已定，需要有的放矢的修剪。二是牡丹的花芽分化开始于6月上中旬，结束于9月下旬至10月中旬，此时进行修剪可以根据观赏需要选留花芽和枝条的数量。三是当年生的土芽枝此时可以根据株形的需要，进行适当的选留，以免春季发芽后再修剪对自身养分的浪费。
修剪要根据牡丹的用途和株龄进行。笔者多年的管理实践是：观赏牡丹要匀枝疏蕾，生产牡丹要除蕾壮枝，新栽植牡丹要平头，2～5年生牡丹要定枝，5～10年生牡丹要壮枝，老牡丹要惜枝。
观赏牡丹要求植株健壮、花大色艳，所以要将过多花蕾疏除，若是一个枝条上着生了多个花蕾，开花时肯定不能花大色艳。同时要控制枝条数量，将个别用作更新枝或矫正冠形的土芽枝保留，其余的土芽枝一定要齐根部剪掉。生产用牡丹的土芽枝可以保留，只将过密枝、并生枝、交叉枝、内向枝及病虫枝等剪除，但春季一定要将花蕾打掉。牡丹春长枝、秋发根，开花会消耗掉大量养分，打蕾会促使牡丹多发枝、长壮枝，较快生长成商品苗。
新栽植的牡丹应浇透水，进地要先平头，即齐根部平茬。结合锄地封墒堆土进行，平茬要齐根部才会越长越壮。常有种植者反映牡丹平茬后越长越弱，有的甚至死掉了，其实是平茬时担心剪死，在看见有芽子的地方下剪子，留5～10cm的桩的原因。其实牡丹有不定芽，即着生在根茎上出土后抽生为萌蘖枝，俗称土芽，不定芽的萌发力很强，平头后来年春季生长旺盛但不会开花，秋季发育分化形成花芽，翌年开花。
2～5年生牡丹要定枝，从栽植第2年起，应根据长势定枝，春天新芽长至10cm左右时，挑选4～5个生长健壮、分布均匀的保留下来，作为主要枝干(俗称定枝)，其余全部剪掉。以后每年秋季视株形、长势选留土芽枝作为枝干培养，使植株逐年壮大、丰满。
5～10年生牡丹要壮枝，栽种5年以上的牡丹长势强劲，主要通过修剪控制枝条的数量，使植株健壮、株形圆整。秋季根据株形选留土芽枝，留壮去弱，剪掉弱枝、病枝、枯枝，并及时清园，减少病虫害的发生。
老牡丹要惜枝。只要修剪得当、管理到位，栽种多年的牡丹仍会保持较好的长势。注意保护枝条，避免意外伤害，修剪时老枝干上的萌芽枝要剪掉，否则会造成上部老枝条衰退，根部的土芽枝除更新复壮时一般不保留。
