应经常除草以减少病虫来源，但注意宜在4叶期前进行中耕除草。因为唐菖蒲在4叶后发生侧长的二次根（粗壮肉质的牵引根），这时除草惚操作根系；为防止倒伏及兼具除草功效，一般在长出3叶时适当培土，培土还有促进球茎发育的效果。
当花后叶片1/3-1/2出现枯萎后，即开始收获地下球茎。唐菖蒲易出现种球退化现象，越大越扁的球径应弃之。商品切花生产的球茎使用往往是一次性的，但小籽球可用来进行再繁殖。
病虫害防治唐菖蒲的病害主要是由真菌类引起的，如灰霉病、干腐病、茎腐病、根腐病、锈病等。防治措施：首先是避免连作；进行土壤和种球消毒；保证种植地排水良好、空气通畅；及时拔除病株并销毁之；定期喷施克菌丹、代森锰锌、百菌清等。对于病毒病、只有采用脱毒种球种植，及早发现并销毁病株。
唐菖蒲受线虫危害严重。虫害还有红棕灰夜蛾、蓟马、尺蠖、叶蝉、蚜虫等，必须采取土壤的完全消毒措施，做好除草等田间卫生工作，定期喷洒敌百虫、氧化乐果等杀虫剂加以有效防治。
江浙一带栽培唐菖蒲时，常空气中的氟化氢、二氧化硫的污染造成叶枯梢病，属一种生理病害。因唐菖蒲对氟化氢气体特别敏感，当空气中HF浓度达1微升/米3时就受害，受害先在叶尖、叶缘出现褪绿斑，后各中部、基部扩展，严重的黄化或呈灰白色。
