樱花和樱桃皆为蔷薇科李亚科，但属于不同属：樱桃为李属，樱花为樱属。樱花可分为单瓣和复瓣两类，单瓣类开花结果，复瓣类大多不结果。樱桃花是樱桃树的花，果实可食用；樱花树的果实则称为樱花果。
樱桃是果树，樱花是观赏花木。樱桃为小乔木，植株较矮小，花期在三月初，花朵白色略带粉红，较小且密集，花后结红色果实。樱花为乔木，植株高大，花期在3月末至4月初，花朵白色或粉色，果实小而涩，几乎不能食用。
植物命名方面，"樱桃花"是中国传统称呼，中国植物志中这类植物多以某某樱桃命名。而现代更习惯称之为樱花，这是导致混淆的原因之一。此外，樱桃于早春开花，花期与白玉兰相近，比樱花早开，这也是两者容易误认的原因。