在病程的早期，鸡新城疫的病理剖检变化主要表现为呼吸道和消化道的病变。在呼吸道方面，病毒会导致气管和支气管的壁变厚，并出现粘液性渗出物，甚至可能引起呼吸道的坏死。在消化道方面，病毒会引起小肠黏膜上皮细胞的变性、坏死和脱落。
在病程的中期，鸡新城疫的病理剖检变化进一步扩展到其他器官。特别是脾脏、肝脏和肾脏等内脏器官，这些器官会出现不同程度的病变，严重时甚至会导致器官功能的丧失。
在病程的晚期，鸡新城疫的病理剖检变化进一步扩展到神经系统。病毒会侵犯神经组织，导致神经细胞的变性和坏死，使鸡出现神经症状。