鸡支原体病的主要症状是窦部肿胀、咳嗽和呼吸困难。病程较长，起初表现为打喷嚏、流鼻涕、咳嗽、呼噜、气管有罗音。个别鸡出现肿脸、眶下窦炎，在眶下窦外可形成大的硬结节，眼流泪、眼内有干酪样渗出物，严重时可导致失明。产蛋鸡的产蛋率会轻微下降。
本病与大肠杆菌病、传染性支气管炎、新城疫、传染性鼻炎混合感染时，鼻汁增加、堵塞鼻孔，易发生气囊炎、肝周炎、心包炎、腹膜炎，死亡率增高。进行新城疫、传染性喉气管炎、法氏囊等冻干苗免疫接种时，易诱发本病，表现为免疫后2-3天鸡群出现长时间的咳嗽、喷嚏等呼吸道症状。
火鸡感染时，常见一侧或双侧眶下窦发炎、肿胀，严重时眼睛张不开。常有鼻涕堵塞鼻孔，病禽频频摇头，有时用翅膀拂擦鼻液致使翅膀变污。常出现轻度结膜炎，眼上有清性分泌物，有时眼睛炎症也很严重。有时关节发炎出现跛行，但少见有站立不起的。
病鸡先流出浆液性或粘性鼻液，打喷嚏，炎症继续发展时出现咳嗽和呼吸困难，可听到呼吸罗音。后期鼻腔和眶下窦蓄积多量渗出物，并出现眼睑肿胀、眼部突出。严重时，眼球受压迫，常发生萎缩或失明。