本病主要的病理变化为患猪消瘦，贫血，皮肤苍白，黄疸（疑似PMWS的猪有20%出现）；淋巴结异常肿胀，内脏和外周淋巴结肿大到正常体积的3～4倍，切面为均匀的白色；肺部有灰褐色炎症和肿胀，呈弥漫性病变，比重增加，坚硬似橡皮样；肝脏发暗，呈浅黄到橘黄色外观，萎缩，肝小叶间结缔组织增生；肾脏水肿（有的可达正常的5倍），苍白，被膜下有坏死灶；脾脏轻度肿大，质地如肉；胰、小肠和结肠也常有肿大及坏死病变。
仔猪断奶后多系统衰竭综合征可见间质性肺炎和黏液脓性支气管炎变化。肺脏肿胀，间质增宽，质地坚硬似橡皮样，其上面散在有大小不等的褐色实变区（间质性肺炎）。肝变硬、发暗。肾脏水肿、呈灰白色，皮质部有白色病灶。脾脏轻度肿胀。胃的食管区黏膜水肿，有大片溃癀形成。盲肠和结肠黏膜充血、出血。全身淋巴结肿大4〜5倍，切面为灰黄色，可见出血。特别是腹股沟、纵隔、肺门和肠系膜与颂下淋巴结病变明显。如有继发感染则可见胸膜炎、腹膜炎、心包积水、心肌出血、心脏变形、质地柔软。
症状及相关病理变化表现为仔猪断奶多系统疾病的病理变化：淋巴结肿大，尤其是腹股沟淋巴结、肺门淋巴结、肠系膜淋巴结和下领淋巴结等。表现为猪皮炎与肾病综合征的病理变化：表现为双侧肾肿大、苍白，表面出现白色斑点，皮质红色点状坏死，肾盂水肿。表现为繁殖障碍性疾病的病理变化死亡胎儿表现明显的心肌肥大和心肌损伤，组织学变化是纤维素性或坏死性心肌炎。表现为猪呼吸道疾病综合征的病理变化：弥漫性间质性肺炎，颜色灰红色。