葱蝇属寡食性害虫，仅为害葱蒜类等百合科蔬菜。栽植大葱时应避免与葱蒜类重茬，土壤需深翻晒垡或冻垡，施充分腐熟有机肥料。成虫盛发期不追施粪肥，防止诱集成虫产卵。起苗、栽植及田间管理中，要防止植株受伤招引成虫产卵。种株贮藏期间防止腐烂，并及时拣除损伤腐烂的残病株叶。
由于葱蛆在土壤缺水和有机质干燥后会集中为害正常植株，田间管理时应适时浇水，防止土壤干裂伤根，控水蹲苗时应适当中耕以防土壤板结。有蛆时可进行漫灌，特别是随水加入硫酸铵、硫酸亚铁，可防葱蝇幼虫为害。大葱根部覆盖新鲜草木灰可防治葱蝇入侵葱田。
施用充分腐熟的粪肥，粪肥上可覆盖一层毒土，或拌入少量的专用药剂。趁早春耕，防止湿土暴露于地面，这会招引成虫产卵于土壤内。浇水时间选在晴天中午前后，因为此时浇水土表很快就会干燥，可干扰卵粒的孵化，防止幼虫钻入土中为害。
首先施入充分腐熟的有机肥，并与土壤充分混合，以减少虫害聚积。根蛆成虫有趋腐性，因此田间不要用生粪，要充分腐熟且深施。有条件的可多施炕洞土，陈墙土等有机肥，因为这些肥料中有一种特殊的气味，根蛆闻不来，就很少在这里产卵，或逃之夭夭。搞好倒茬轮作，要注意得同不同科属的作物轮作，也不要连年重茬。秋翻冬灌可有效杀灭大部分的蛹。